La Real Academia de Medicina del País Vasco – Euskal Herriko Medikuntzaren Errege Akademia se fundó en el año 1971 con el nombre de Real Academia de Medicina de Bilbao, siguiendo la tradición del paralelismo con los distritos universitarios y adoptando inicialmente el nombre de “Real Academia de Bilbao” por la recién creada Universidad de Bilbao, que incluyó entre sus primeros estudios la Licenciatura en Medicina.  En el año 1983, la Universidad de Bilbao se trasformó en la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea, por lo que la denominación de la Academia cambió a Real Academia de Medicina del País Vasco/Euskal Herriko Medikuntzaren Errege Akademia, que incluía de hecho a profesionales de todo el distrito vasco.

Desde sus inicios la sede de la Real Academia está ubicada en unos locales cedidos por el Departamento de Fisiología de la Facultad de Medicina de la Universidad del País Vasco/EHU, en el Campus Universitario de Leioa, en Bizkaia.